日本のベストShopifyエージェンシー12選【2026年】

日本は、世界第4位のeコマース市場であり、攻略が最も難しい市場の一つです。チャンスは明白です。テクノロジーに精通した消費者、高い購買力、そして高まり続けるクロスボーダー購入への意欲。しかし、実行は？ そこで、ほとんどの海外ブランドがつまずきます。日本でオンラインストアを立ち上げるには、Shopifyのサブスクリプション以上のものが必要です。米国やヨーロッパと違い、この市場は高度にローカライズされています。成功するには、現地の専門家、つまり日本のフルサービスのeコマースエージェンシーに依頼するのが得策です。

本ガイドでは、2026年版・日本のベストShopifyエージェンシーを厳選してご紹介し、次の点を詳しく解説します。

• 各エージェンシーが提供するサービス（開発、デザイン、移行、Shopify Plus、CROなど）
• 各エージェンシーの主な強みと弱み
• 確認済みのクライアントレビューと評判
• これらのエージェンシー同士の比較
• 自社に合ったShopifyエージェンシーを選ぶ際に見るべきポイント

日本のこれらのShopifyの専門家は、深いプラットフォーム知識と、現地市場の専門性を備えています。彼らはShopifyプラットフォームと現地市場の両方を深く理解しており、日本の消費者行動、決済方法、文化にも精通しています。

エンタープライズ規模のShopify Plus移行でも、ゼロからのカスタムShopifyストア開発でも、専門的なローカライゼーションサービスでも、このリストには、あなたのニーズに合うエージェンシーがあります。

日本のベストShopifyエージェンシー2026：サービスと専門性の比較

Flagship Inc.は、日本のeコマース市場で2012年以来リードしてきた、プレミアなバイリンガルのShopifyエージェンシーです。彼らは、公式のShopify Plus Partnerになった最初のエージェンシーです。また、2024年にはShopify Japanから「Enterprise Partner of the Year」に、2025年にはShopify Premier Partnerに選出されました。

Flagship Japanは、日本固有の要件や複雑なShopify実装において、優れた現地の専門性を発揮します。主な注力分野は、ハイレベルなShopify Plus開発とShopify移行で、グローバルなShopify機能と現地のニーズの隔たりを埋めるよう設計されたソリューションを提供します。AIエンジニアリングとワークフローの自動化も、中核的な強みです。

日本でエンタープライズ級の開発とローカライゼーションを提供する、先駆的なShopify Plusパートナー

これだけ確かな実績があるため、Flagshipは、特に年商10～50億円のエンタープライズ規模のブランドに適しています。また、日本でのB2B eコマース、ファッション・アパレル、小売、ヘルス＆ビューティー業界に注力するShopify Plusマーチャントにとっても、理想的なパートナーです。

会社概要：

• 設立： 2012
• Shopifyパートナーティア： Premier
• Shopifyサービス： 物流連携（OMS／WMS／ERP）、ヘッドレスコマース、ストア構築・リデザイン、チェックアウトのカスタマイズ、カスタムアプリ開発、オムニチャネルeコマース戦略、ストア在庫システム。
• 主なクライアント／プロジェクト： Monoya、Matchaeologist Japan、ONFAdd
• 所在地： 東京都千代田区
• 連絡先： sales-team@flagship.cc、または直接お問い合わせは公式サイトから

WebLife Japanは、独自のオールインワンShopifyソリューションであるBiNDecを通じて、フルサイクルのeコマース開発を提供します。ストア構築やプラットフォーム移行から、高度なバックエンド連携まで、ローンチのあらゆる段階に対応します。

日本でオールインワンのコマースソリューションを提供する、エンタープライズ志向のShopify Plusパートナー

WebLifeと組めば、エンタープライズ級のShopifyの専門性と、深い現地市場の知見が保証されます。彼らは日本でShopify Platinum Partnerのステータスを保持しています。受賞歴には、Shopify Plus Partner of the Year（2021年）や、Industry Best Solution Partner of the Year（2025年）があります。ただし、唯一の制約は、彼らが主に日本語で業務を行っている点で、ネイティブでないチームにとっては、アプローチしにくい場合があることです。

会社概要：

• 設立： 2001
• Shopifyパートナーティア： Platinum
• Shopifyサービス： Shopifyストアの開発と展開、BiNDec統合ソリューション、カスタムShopifyアプリ、バックエンドシステム連携、UX／UIデザイン、コマース自動化戦略
• 主なクライアント／プロジェクト： 400以上のShopifyストアを管理してきた実績
• 所在地： 東京都港区
• 連絡先： info@web-life.co.jp

日本のベストShopifyエージェンシーの中でも、R6B Incは、業界の賞を席巻してきました。2023年と2024年にShopify Plus Partner of the Yearを、そして2025年にはEnterprise Partner of the Yearを受賞しています。現在、WebLifeと並んで、日本に数社しかないShopify Platinum Partnerの一社です。

D2Cの成長と日本市場参入を支援する、受賞歴のあるShopify Plusパートナー

R6B Incは、ストア開発、POSの設定と移行、成長最適化を含む、フルサービスのShopifyソリューションを提供します。「ECプロジェクト支援」モデルで運営し、直接の実行と、継続的な戦略コンサルティングを組み合わせています。実践的な提案と、現地eコマーストレンドへの強い適合に支えられ、R6Bは特にD2Cブランド（DTCブランドとも呼ばれる）や、日本市場参入を計画する企業に適しています。

会社概要：

• 設立： 2019
• Shopifyパートナーティア： Platinum
• Shopifyサービス： カスタムUX／UIデザイン、バックエンド連携、POS設定、マーケティングオートメーション、クロスボーダーコマース支援、継続的なサイト最適化とサポート
• 主なクライアント／プロジェクト： Soup Stock Tokyo, Nissin Foods Group, Stylem Fabric Store、Arc'teryx
• 所在地： 東京都世田谷区
• 連絡先： contact@r6b.jp

非常に実力のあるShopify Plusパートナーを探しているなら、CREAMは有力な候補です。この東京のShopifyエージェンシーは、Shopifyサイトのローカライゼーション、Shopify Plus開発、高度なコマースアーキテクチャを専門とします。デジタルの専門家チームが、洗練されたヘッドレス構築から、シームレスなオムニチャネルや小売テックの連携まで、あらゆる面で支援します。

複雑なマルチマーケットのコマースプロジェクトで実績を持つCREAMは、強力なローカライゼーション能力と、グローバル水準の実行力を兼ね備えている点で際立っています。公式のShopify Plusパートナーとして、多言語運用を支援し、日本、スイス、スペインにわたる提供体制を維持しています。

ローカライゼーションと高度なコマース構築を専門とする、東京拠点のShopify Plusエージェンシー

会社概要：

• 設立： 2010
• Shopifyパートナーティア： Plus
• Shopifyサービス： Shopify Plusストア開発、ストア移行、カスタムアプリ連携、海外展開、ビジネス戦略。
• 主なクライアント／プロジェクト： L'Atelier des Parfums と alice+olivia Japan
• 所在地： 東京都渋谷区
• 連絡先： contact@cream-touch.com

横浜とロサンゼルスの両方にオフィスを構えるGO RIDEは、クロスボーダーeコマースのために作られた、フルサービスのShopifyエージェンシーです。ストア開発、移行、デジタルマーケティング、戦略コンサルティングを、一つ屋根の下で手がけます。

日本のベストShopifyエージェンシーの中でも、GO RIDE, Inc.は、強力なクロスボーダーeコマースの実行力と、フルファネルのShopify支援で知られています。現地市場とShopify Japanエコシステムの両方における専門性が、開発、デザイン、マーケティングで別々のベンダーを管理する手間なく、事業を拡大する助けになります。

強力なクロスボーダーeコマースの実行力で知られる、フルサービスのShopifyエージェンシー

同社は、BiodermaやOka Foodsといったブランドのクロスボーダー展開を支援してきました。認定Shopify Plus Partnerというステータスに加え、2021年には、大量のクロスボーダーeコマースプロジェクトを支援したことで、業界からの評価も得ました。

会社概要：

• 設立： 2015
• Shopifyパートナーティア： Plus
• Shopifyサービス： ストア開発、移行、デジタルマーケティングと有料広告、CRMとマーケティングオートメーション、戦略的eコマースコンサルティング
• 主なクライアント／プロジェクト： Bioderma、Oka Foods、RUGHAUS、Garden Tokyo
• 所在地： 神奈川県横浜市西区
• 連絡先： 050-3188-6793 または info@goriderep.com

Hiyaku Inc.は、東京を拠点とする、認定Shopify Partnerのエージェンシーです。国内およびクロスボーダーのeコマースブランド向けに、フルサイクルのShopifyストア開発、リデザイン、最適化を専門とします。

質の高い提供とクライアント満足度で評価される、バイリンガルのShopifyパートナー

同社は、比類のない仕事の質とコミュニケーションで知られています。Shopifyで、5.0の評価を、79件の確認済みクライアントレビューから獲得しており、その多くが、安定した提供、明確なコミュニケーション、実践的なソリューションを高く評価しています。バイリンガル対応と相まって、Hiyakuはスムーズな協業を可能にします。衣料・ファッション、電子機器、飲食、ヘルス＆ビューティーのカテゴリーでShopifyストアを拡大したいなら、依頼を検討する価値があります。

会社概要：

• 設立： 2017
• Shopifyパートナーティア： Premier
• Shopifyサービス： Shopifyストアの構築またはリデザイン、ストア移行、SEOとCRO、分析＆トラッキング、コンバージョン率最適化、Shopifyの設定・構成
• 主なクライアント／プロジェクト： Bellabell, Piebyronbay, Otoriyose、MERRELL
• 所在地： 東京都港区
• 連絡先： 036-7211-285 または info@hiyaku-inc.com

日本のベストShopifyエージェンシーのリストに、EC-Studyは欠かせません。2013年に設立され、2018年にShopify Partnerとして認定された同社は、ストア開発とマーチャント教育に強い実績を持ちます。専門は、特にストア設定、移行、クロスボーダーeコマース運用における、包括的なプラットフォーム支援です。

日本でクロスボーダーeコマースを支援する、教育主導のShopifyパートナー

EC-Studyを際立たせているのは、実践的で教育を第一に据えたアプローチです。彼らは実行にとどまりません。EC-Studyは、日本市場に関する実践的な指導、体系立ったコンサルティング、継続的なトレーニングを提供します。だからこそ、あなた自身でストアを運営できるようになります。単なるアウトソーシングよりも、長期的な能力構築を重視するなら、試してみる価値があります。

会社概要：

• 設立： 2013
• Shopifyパートナーティア： N/A
• Shopifyサービス： Shopifyストア設定、ストア移行、クロスボーダーeコマース支援、ストア最適化、運用コンサルティング、Shopifyトレーニング
• 主なクライアント／プロジェクト： N/A
• 所在地： 東京都中央区
• 連絡先： info@ec-study.school

ELEは、確認済みのマーチャントから、Shopifyで満点の5.0評価を獲得しており、これは日本でも最高水準の一つです。千葉を拠点とするこのShopify Plusパートナーは、日本市場向けのShopifyストア設定、カスタムテーマデザイン、そして衣料、飲食、ヘルス＆ビューティー、ジュエリーの成長中ブランド向けの、あつらえのeコマースソリューションを手がけます。

日本でカスタムテーマとストア最適化を手がける、信頼できるShopify Plusパートナー

なぜELEか？ ほとんどのマーチャントが、彼らのアプローチを非常に頼りになり、組みやすいと感じています。成果物は一貫して構成がよく、高品質で、特にカスタムShopifyテーマ開発とストア最適化で際立っています。だからこそ、確認済みのeコマースマーチャントからの好意的なレビューとともに、Shopifyで一貫して5.0/5の星評価を維持しているのです。

会社概要：

• 設立： N/A（2018年よりShopify Japanのパートナー）
• Shopifyパートナーティア： Plus
• Shopifyサービス： ストアの構築またはリデザイン、テーマのカスタマイズ、ストア移行、トラブル対応と技術サポート、システム連携、継続的な保守。
• 主なクライアント／プロジェクト： Kathe WolhfahrtとSelect Tokyo
• 所在地： 千葉県千葉市稲毛区
• 連絡先： 043-400-3400 または contact@ele-company.com

深いウェブ開発経験を持つShopify専門家チームを擁するCommerceMediaは、カスタムテーマ開発、ヘッドレスコマース構築、現地ERP向けの複雑なAPI連携といった、プラットフォームネイティブなソリューションを専門とします。日本のベストShopifyエージェンシーの一つとして、同国で3番目にShopify Expertの認定を受けたエージェンシーであり、現在は認定Shopify Premier Partner.

ローカライズされたコマースソリューションを提供する、エンタープライズ志向のShopify Premier Partner

同社は、日本の決済方法への対応、物流連携、言語サポート、税務コンプライアンスを含む、深くローカライズされた購買体験を提供する技術的な構築を手がけます。また、クロスプラットフォーム運用にも長けており、シームレスな楽天連携、Amazon Japanの運用、統合された在庫連携を提供します。中規模から大規模のD2Cブランドや、マルチチャネルのマーチャントは、CommerceMediaと組むことで、長期的に大きな価値を見いだせるでしょう。

会社概要：

• 設立： 2016
• Shopifyパートナーティア： Premier
• Shopifyサービス： ストアの構築またはリデザイン、ストア移行、SEO＆パフォーマンス最適化、ストア設定の構成、テーマのカスタマイズ、継続的なサイト管理
• 主なクライアント／プロジェクト： Benoit Nihant, Veltex, GCRESTORE、Orion Beer
• 所在地： 東京都豊島区／福岡県福岡市
• 連絡先： shopify@commerce-media.info

Resort TunaECは、異なるアプローチを取ります。パッケージ済みのShopifyローンチです。Shopify Premier Partnerとして、高性能なテーマと必須のShopifyアプリ連携をセットにした、すぐに使えるバンドルを提供し、ストアを素早く公開できるよう設計しています。

日本向けに、素早いパッケージ型のストアローンチを提供する、クリエイティブなShopify Plusエージェンシー

クリエイティブ主導の「魚と釣り」の提供モデルが、大きな差別化要因です。主要なアプリをあらかじめ組み込み、ローンチ以降も運用サポートを提供することで、マーチャントはストレスのないローンチと優れたUI／UXを享受できます。この「すぐに使える」アプローチは、特に衣料、ファッション、飲食といった商品主導の業界で、素早い日本市場参入を目指すスタートアップに最適です。

会社概要：

• 設立： N/A
• Shopifyパートナーティア： Premier
• Shopifyサービス： Shopifyストア設定、TUNA ECローンチパッケージ、ブランディング＆クリエイティブ支援、運用サポート＆コーチング、分析＆トラッキング、ローンチのリスク軽減
• 主なクライアント／プロジェクト： Converse, Picard, ideaco、Dr. ISHII
• 所在地： 東京都渋谷区
• 連絡先： arisa@rsrt.jp

2004年に設立されたFullbalance（FLB）は、長年にわたり日本のeコマースを熟知してきた、ベテランのShopify Plus Partnerです。2017年に同プラットフォームへ注力の軸を移し、以来、ERPやOMSの連携から大規模なデータ移行まで、複雑なシステム構築の先駆者として、エンタープライズブランドが日本市場の技術的なハードルを越える手助けをしてきました。

エンタープライズのシステムアーキテクチャを専門とする、東京のベストShopifyエージェンシー。

Fullbalanceは、その技術的な深さで際立ちます。東京拠点の同社は、複雑なAPI連携からデータ主導の成長戦略まで、エンタープライズ向けのShopifyソリューションを提供し、大規模ブランドや大量販売の小売業者が、日本でeコマースを成功裏に拡大する手助けをします。

会社概要：

• 設立： 2004年（2017年よりShopifyに注力）
• Shopifyパートナーティア： Premier
• Shopifyサービス： Shopifyストアの構築とリデザイン、移行支援、パフォーマンス最適化、アプリ開発、運用サポート＆成長コンサルティング、分析＆トラッキング
• 主なクライアント／プロジェクト： Nishikawa, Kimono Yamato, Morozoff、Painting Sales Projects
• 所在地： 東京都目黒区
• 連絡先： info@fbl.jp

Corekaraは、ストア構築、SEO、デジタルマーケティング、CRMに深い専門性を持つ、東京のベストShopify Plusエージェンシーの一つです。認定Shopify Plus Partnerとして、日本で頼れる単一ベンダーのShopifyソリューションになることを目標としています。

開発とデジタルマーケティングを組み合わせた、フルサービスのShopify Plusエージェンシー

この認定Shopify Plus Partnerエージェンシーは、マーケティング支援と組み合わせた実践的なeコマースの実行力で、他社との差別化を図っています。広告最適化や連動購買の機能を支える、AdSISTやCodebuyといった独自の社内ツールまで開発しています。こうした統合的でデータ主導のアプローチは、日本のファッションeコマースから、飲食、ヘルス＆ビューティー、ペットケアまで、消費者向けブランドに理想的です。

会社概要：

• 設立： 2012
• Shopifyパートナーティア： Plus
• Shopifyサービス： Shopifyストア開発、移行支援、SEO＆デジタル広告、コンバージョン率最適化（CRO）、カスタムアプリ開発。
• 主なクライアント／プロジェクト： PELLE MORBIDA, DarichとUeni Trading
• 所在地： 東京都新宿区
• 連絡先： 03-5363-1966 または info@corekara.co.jp

日本のShopifyエージェンシーは、それぞれ注力分野が異なります。最適な相手は、参入の規模、既存の技術スタック、ターゲット顧客層、そして提供したい顧客体験によって変わります。

評価すべきポイントは次のとおりです。

1. クロスボーダー志向か、国内志向か

そのエージェンシーが、海外ブランドのShopify構築（日本に参入するインバウンドのブランド）の支援に長けているのか、それとも国内の日本のマーチャントに長けているのかを理解しましょう。海外のプレーヤーであれば、インバウンドの実績があるパートナーを選ぶべきです。期待のズレを避けるために、エージェンシーに直接尋ね、関連する事例を確認しましょう。

2. 経験と専門性

公式のバッジを探しましょう。多くが専門家を名乗りますが、すべてのShopify開発会社が基準を満たしているわけではありません。Shopify Service Partnerは、日本では厳格なパフォーマンスと資格の基準に基づいて、ティア分けされています。

3. ローカライゼーション能力

これには、UXデザインの実績や、コンテンツのトーンやビジュアルレイアウトを日本の好みに合わせる能力が含まれます。日本の買い物客は、ミニマリズムよりも、明確さ、密度が高くも構造化された情報、信頼のシグナル、そして予測しやすいナビゲーションを好みます。

4. 日本固有のシステム連携

ここで、多くの海外ブランドがつまずきます。パートナーは、現地の連携を実装できる必要があります。チェックアウトのカスタマイズや決済ゲートウェイから、Yamato TransportやSagawa Expressといった物流プロバイダーまで、幅広く対応できることが求められます。

5. コンプライアンスと運用の知識

特定商取引法（SCT）への精通は、譲れない条件です。法的表記や税込価格に関するたった一つのコンプライアンス上のミスが、罰則につながることもあります。

6. エコシステムのパートナーシップ

LOGILESS（OMS／WMS）、CRM PLUS on LINE、あるいはマーケティングオートメーション向けのLINE連携といった、日本限定のツールに関する、そのエージェンシーの実務経験を確認しましょう。本格的な現地運用を計画するブランドには、これは必須です。

7. 料金とパッケージ

日本でのShopify開発費用は、大きく幅があります。

• 基本的なテーマベースの構築：$500程度から
• 連携込みのフルカスタムデザイン：$30,000を超えることも

多くのエージェンシーは、シンプルな構築向けに固定パッケージを提供しています。大手はプロジェクト単位で価格を設定します。拡大を計画しているなら、アップグレードの道筋とShopifyプランについて、前もって尋ねましょう。まだ必要のないエンタープライズ機能に、お金を払わないことです。

以上が、日本のベストShopifyエージェンシー12社です。それぞれに、異なる強み、Shopify Plusの認定、そして注力するクライアント層があります。

「ベスト」なエージェンシーは、単独で存在するわけではありません。それは、あなたの日本市場参入戦略、技術要件、そしてどれだけの支援が必要か、とりわけ近道が高くつきかねない市場ローカライゼーションの領域によって変わります。インバウンドの実績が強い認定Shopifyパートナーは、何か月もの試行錯誤を省いてくれます。

自社の規模に合うエージェンシーを2～3社選びましょう。それぞれの事例を確認し、Shopifyのローカライゼーション能力と、日本固有の連携について尋ねます。そのうえで、決断しましょう。

1. 日本でShopifyエージェンシーに依頼する費用はどのくらいですか？

プロジェクトの範囲とエージェンシーのティアによって大きく変わります。一般的に、基本的なテーマベースのストアは$500程度から、連携込みのカスタム構築はおおむね$10,000～$30,000以上です。継続的なサポートや成長のためのリテイナーには、月額$1,600～$3,500以上ほどの費用がかかることがあります。

2. 日本のShopifyストアは、どんな決済方法に対応すべきですか？

コンビニ決済、PayPay、LINE Payが、日本での主要な決済方法です。ストアは、ネイティブまたはサードパーティアプリを通じて、これらのうち少なくとも一つに、初日から対応している必要があります。

3. 日本でShopifyストアを構築するのに、どのくらいかかりますか？

サービスパッケージ、プロジェクト、エージェンシーの稼働状況によって、2週間から6か月まで幅があります。基本的なテーマの設定は、2～4週間で用意できます。カスタムERP／OMS連携を伴うエンタープライズ規模のShopify Plus構築は、通常2～6か月かかります。

4. 日本のShopifyエージェンシーは、継続的なサポートを提供していますか？

はい。日本の評判の良いエージェンシーのほとんどは、ローンチ後のサポートを提供していますが、具体的な条件や応答時間は、SLA契約で明確に定めておくべきです。一部のエージェンシー、特にEC特化のコンサルティング会社は、初期開発の枠を超えて、運用コーチング、コンバージョン率最適化（CRO）、長期的な成長支援も提供しています。